どちらでもかまわないと思いますが、部屋の温度は上のほうが暑くなりますので、ケージの上の方に設置して、上の方の温度が基準以下になるようにしても良いですね。

ケージの上と下に一つづつ温湿度計を設置して、両方の温度を把握するようにしているお宅もあります。