自然界に合わせた明るさにして夜は暗くしておくべき?

無理に自然界に合わせる必要はないと思います。

ただ、昼も夜もずっと明るくて、夜中も電気をつけっぱなしだと人間にもチンチラにも良くないと思いますので、ある程度遅い時間になったら少し暗めの照明にしたほうがよいかもしれません。